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定量PCR標準化,挑戰在哪里?

來源:本站   發布時間: 2018-05-20 08:36:57   瀏覽:742次  字號: [大] [中] [小] [收藏]
六年前,科學家針對實時定量PCR實驗中的種種問題,提出了一套統一的評估標準——MIQE指南。兩年前,數字PCR版本的MIQE指南也出爐。然而,認真執行MIQE指南的實驗室并不多。定量PCR標準化,挑戰在哪里?Jeffrey

六年前,科學家針對實時定量PCR實驗中的種種問題,提出了一套統一的評估標準——MIQE指南。兩年前,數字PCR版本的MIQE指南也出爐。然而,認真執行MIQE指南的實驗室并不多。定量PCR標準化,挑戰在哪里?Jeffrey Perkel博士近日在《BioTechniques》上討論了這一問題。


當零基礎的人們準備開展定量PCR時,大多會請教師兄師姐。不過,對于數字PCR(dPCR)這種比較新的技術,周圍的人未必有經驗。同時,這種技術不像傳統PCR那么簡單,需要用到專門的儀器、操作和變量。Perkel認為,若未經培訓的研究人員利用dPCR來定量mRNA的豐度,他們也能獲得一個數字,但這個數字是否能準確代表樣品本身,就不好說了。


幸運的是,一組研究人員已經開發出dPCR實驗的路線圖,稱為digital MIQE指南。這個指南能夠指導研究人員開展dPCR,包括實驗設計和分析。digital MIQE論文的主要作者,LGC公司的首席科學家Jim Huggett表示:“digital MIQE是關于你論文中所包含的信息,這讓我能夠重復你的工作!


然而,盡管越來越多的研究人員在實驗中使用dPCR,但采用digital MIQE指南的仍是少數。根據Google Scholar的統計,digital MIQE指南自2013年發表以來被引用74次,而同期發表的dPCR文章超過400篇。同樣,原先的MIQE指南自2009年以來被引用3200次,而qPCR文章超過26,000篇。


這與Nature Methods早期的一項調查一致,說明十篇文章中約有九篇未能提供最低要求的實驗數據,因而有可能包含誤導的結果和結論。那么,研究人員為什么會忽視MIQE指南?羅格斯大學的Andrzej Pietrzykowski認為,許多人并不知道MIQE,而有些人認為采用MIQE指南會帶來額外的工作,也要花費更多的錢。


對于這種現狀,digital MIQE論文的資深作者、英國安格利亞魯斯金大學的Stephen Bustin教授認為,MIQE指南的執行需要期刊編輯的參與。盡管在過去幾年數據重復性的問題引起廣泛討論,但Bustin及其同事發現,MIQE采用率與期刊的影響因子成反比。


不過,Bustin教授也表示,儀器供應商已成為MIQE指南的積極推動者。盡管還沒有MIQE認證的儀器或試劑盒,但許多供應商都在向他們的客戶推廣MIQE指南。例如,Bio-Rad已推出了一個移動app,能實時量化是否符合MIQE。


這些工具可以使研究人員更清楚了解PCR的良好實踐。不過,Huggett認為MIQE可能還面臨觀念的問題。有些人認為這像是專政。Huggett指出,這并不是一套規則,而是建議,其目的是幫助研究人員充分利用他們所有的,以便讓每個反應都有價值。





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